Cancer3.AI › AI w onkologii › Modele AI › scGPT
Model fundamentowy Otwarte wagi Nie dotyczy genomics

scGPT

Generatywny pretrenowany transformer dla multi-omiki pojedynczych komórek, trenowany na ponad 33 mln komórek; obsługuje adnotację typów komórek, integrację batchy, przewidywanie odpowiedzi na perturbacje i wnioskowanie sieci genowych.

GitHub Publikacja DOI { } JSON

W skrócie

TwórcaBo Wang Lab, University of Toronto
Wydanie2024-02-08
LicencjaMIT
DostępnośćOtwarte wagi
RodzajModel fundamentowy
Status regulacyjnyNie dotyczy

Co robi

Ta karta jeszcze tego nie dokumentuje.

Zadania, typy danych i nowotwory

ZadanieAnaliza pojedynczych komórekEkspresja genówEkstrakcja cech (embeddingi)
Typ danychPojedyncze komórkiTranskryptomika (RNA)
Zastosowanie kliniczneBadania podstawowe
NowotwórWiele nowotworów
Wejściesingle-cell expression matrix (h5ad)
Wyjściecell/gene embeddings; predicted expression

Architektura

RodzinaGPT-style transformer with gene and expression-value tokens
Pretreninggenerative masked prediction of expression values

Dane treningowe

33 mln komórek z CELLxGENE i innych zbiorów publicznych; wydano punkty kontrolne dla narządów i tkanek (w tym pan-nowotworowy).

Rozmiar zbioru treningowego33M cells

Ewaluacja

Ta karta jeszcze tego nie dokumentuje.

Jak uruchomić

BibliotekaPyTorch (scgpt package)

Checkpoints (whole-human, pan-cancer, per-organ) are linked from the repo README; expects scanpy AnnData input.

Status regulacyjny i przeznaczenie

Status regulacyjnyNie dotyczy
PrzeznaczenieNarzędzie badawcze.

Źródło →

Status regulacyjny cytujemy ze wskazanego źródła i może się zmienić. Modele „tylko do badań” nie służą do decyzji klinicznych.

Ograniczenia i błędy systematyczne

  • Przewidywania perturbacji walidowano głównie na liniach Perturb-seq, nie na guzach pacjentów.
  • Pamięć GPU rośnie ze słownikiem genów; dla dużych atlasów próbkuj geny.

Źródła

  1. Cui H et al. scGPT: toward building a foundation model for single-cell multi-omics using generative AI. Nat Methods 2024
  2. GitHub — bowang-lab/scGPT

Ta strona ma charakter edukacyjny — nie stanowi porady medycznej i nie zastępuje konsultacji z onkologiem. Decyzje diagnostyczne i terapeutyczne podejmuje wyłącznie lekarz specjalista.