Wykrywanie śladów drobnoustrojów w sekwencjonowaniu nowotworów

Zespół badawczy kierowany przez Ghaddara i współpracowników opracował nowe narzędzie obliczeniowe umożliwiające wiarygodne wykrywanie drobnoustrojów w danych genomicznych i transkryptomicznych pochodzących z sekwencjonowania nowotworów. Obecność mikroorganizmów w mikrośrodowisku guza jest coraz częściej uznawana za potencjalnie istotną dla biologii nowotworów, rokowania oraz odpowiedzi na leczenie, jednak ich dokładna identyfikacja wśród ogromnych ilości ludzkich danych sekwencyjnych stanowiła poważne wyzwanie techniczne. Nowe podejście rozwiązuje kluczowe problemy, takie jak artefakty kontaminacji i wyniki fałszywie dodatnie, które dotychczas utrudniały charakteryzację mikrobiomu nowotworowego. Opublikowana w czasopiśmie Cancer Cell praca dostarcza społeczności onkologicznej solidniejsze narzędzie do badania wpływu drobnoustrojów wewnątrznowotworowych na progresję raka i wyniki terapeutyczne. Badanie stanowi ważny postęp metodologiczny, który może przyspieszyć rozwój wiedzy o mikrobiomie guza jako biomarkerze lub celu terapeutycznym.