Wiarygodne wykrywanie sygnatur gospodarz-drobnoustrój w nowotworach przy użyciu platformy PRISM

Zespół badawczy kierowany przez Ghaddara i współpracowników opracował PRISM — nową platformę obliczeniową służącą do precyzyjnej identyfikacji mikroorganizmów i eliminacji artefaktów kontaminacji z ludzkich danych genomicznych dotyczących nowotworów. Zastosowanie PRISM do dwóch największych repozytoriów genomiki nowotworowej — TCGA oraz CPTAC — pozwoliło odkryć wiarygodne sygnatury drobnoustrojów w kilku typach guzów. Sygnatury te powiązano z określonymi cechami molekularnymi i klinicznymi nowotworów, co sugeruje funkcjonalne znaczenie mikrobiomu nowotworowego. Praca opublikowana w czasopiśmie Cancer Cell rozwiązuje kluczowy problem metodologiczny w tej dziedzinie, gdzie kontaminacja od dawna podważała wiarygodność badań nad mikrobiomem związanym z guzami. PRISM może stać się standardowym narzędziem przyspieszającym rzetelne badania nad wpływem mikroorganizmów na biologię nowotworów i wyniki leczenia pacjentów.