NetMHCIIpan-4.0 4.0
Odpowiednik NetMHCpan dla klasy II, wydany w tej samej publikacji: przewiduje prezentację przez HLA-DR, -DQ i -DP, których rowek jest otwarty z obu końców, więc peptydy są dłuższe, a rdzeń wiążący trzeba znaleźć wewnątrz dłuższej sekwencji.
W skrócie
Co robi
Ta sama mechanika NNAlign_MA co w klasie I — pan-alleliczna pseudosekwencja na wejściu, dekonwolucja danych wieloallelicznych — zastosowana do epitopów limfocytów CD4+, ważnych dla odpowiedzi pomocniczej w szczepionkach.
Zadania, typy danych i nowotwory
Architektura
Class II grooves are open at both ends, so the peptide overhangs; finding the correct register inside a long peptide is the hard part, and the deconvolution machinery is what made multi-allelic class II data usable.
Dane treningowe
Powinowactwa i ligandy klasy II ze spektrometru, z tą samą konstrukcją przyjętych negatywów co w klasie I.
Powiązane zbiory danych
- trening IEDB — Immune Epitope Database Otwarte pobieranie
Ewaluacja
| Benchmark / zbiór | Miara | Wartość | Walidacja zewnętrzna | Źródło |
|---|---|---|---|---|
| class II ligand and epitope prediction vs NetMHCIIpan-3.2 | AUC / PPV | improved (paper) | tak | Źródło |
Jak uruchomić
Status regulacyjny i przeznaczenie
Status regulacyjny cytujemy ze wskazanego źródła i może się zmienić. Modele „tylko do badań” nie służą do decyzji klinicznych.
Ograniczenia i błędy systematyczne
- Danych dla klasy II jest mniej i są bardziej zaszumione niż dla klasy I; niepewność rejestru jest wpisana w problem.
- Te same zastrzeżenia co przy NetMHCpan: przyjęte negatywy i skrzywienie spektrometrii.
Źródła
Ta strona ma charakter edukacyjny — nie stanowi porady medycznej i nie zastępuje konsultacji z onkologiem. Decyzje diagnostyczne i terapeutyczne podejmuje wyłącznie lekarz specjalista.