HLAthena
Model prezentacji trenowany na peptydomie monoallelicznym 95 linii komórkowych — 186 464 peptydy dla 95 alleli HLA, z czego piętnaście nie miało wcześniej opisanego motywu — czyli na zbiorze, który zmienił tę dziedzinę bardziej niż jakikolwiek pomysł architektoniczny.
W skrócie
Co robi
Ocenia pary peptyd–allel, dokładając cechy spoza samego peptydu: ekspresję genu źródłowego i kontekst cięcia, dzięki czemu jego przewidywania bliżej odpowiadają rzeczywistej prezentacji niż narzędzia oceniające samo wiązanie.
Ważne zastosowania w onkologii
Panel alleli pokrywa co najmniej jeden allel u 95% ludzi na świecie osobno dla HLA-A, -B i -C — dlatego „długi ogon” alleli w ogóle się skrócił.
Zadania, typy danych i nowotwory
Architektura
Adding expression is what a peptide-only model structurally cannot do; the price is that you need RNA data for the sample.
Dane treningowe
95 linii monoallelicznych B721.221 (31 HLA-A, 40 HLA-B, 21 HLA-C, 3 HLA-G), 186 464 unikalne peptydy, mediana 1860 na allel.
Powiązane zbiory danych
- trening Mono-allelic HLA class I peptidome (Sarkizova / Abelin) Otwarte pobieranie — model i zbiór pochodzą z tej samej publikacji
Ewaluacja
| Benchmark / zbiór | Miara | Wartość | Walidacja zewnętrzna | Źródło |
|---|---|---|---|---|
| top 0.1% of a 1:999 decoy list | PPV | reported by the authors at 1:999 — a stricter setup than several competitors use | nie | Źródło |
Jak uruchomić
No standalone weights; use the web tool or reuse the published peptidome (see the data card) to train your own model.
Status regulacyjny i przeznaczenie
Status regulacyjny cytujemy ze wskazanego źródła i może się zmienić. Modele „tylko do badań” nie służą do decyzji klinicznych.
Ograniczenia i błędy systematyczne
- Tylko przez stronę: nie da się wpiąć w potok offline.
- Cechy ekspresji wymagają dopasowanych danych RNA, więc nie jest uniwersalnym narzędziem „peptyd na wejściu, ocena na wyjściu”.
Źródła
Ta strona ma charakter edukacyjny — nie stanowi porady medycznej i nie zastępuje konsultacji z onkologiem. Decyzje diagnostyczne i terapeutyczne podejmuje wyłącznie lekarz specjalista.