Cancer3.AI › AI w onkologii › Zbiory danych › IEDB — Immune Epitope Database
Rejestr / portal Otwarte pobieranie free to use; NIAID-funded public resource

IEDB — Immune Epitope Database

Centralne repozytorium danych o epitopach i źródło niemal każdego zbioru treningowego dla modeli peptyd–MHC — a także ich skrzywienia allelowego.

Strona zbioru 📖 Jak to działa { } JSON

W skrócie

DostawcaLa Jolla Institute for Immunology, funded by NIAID
DostępOtwarte pobieranie
Licencjafree to use; NIAID-funded public resource
epitope-related records1 600 000
Uwagi o rozmiarzekuratorowane z literatury i zgłoszeń bezpośrednich; zawiera testy wiązania MHC, ligandy ze spektrometru i testy limfocytów T
FormatyCSV, JSON
Typ danychSekwencja białkaImmunopeptydomika (peptydy ze spektrometru)
ZadanieWiązanie peptyd–MHCPrezentacja antygenu
NowotwórWiele nowotworów

Etykiety i adnotacje

Dla każdego rekordu typ testu i wynik (powinowactwo w nM, elucja, odpowiedź limfocytów T), restrykcja MHC, organizm źródłowy i referencja. Konwencja progów IEDB: <50 nM wysokie, <500 nM pośrednie, <5000 nM niskie.

Szczegóły

Dlaczego skrzywienie ma znaczenie

  • Sam HLA-A*02:01 stanowi 24,38% zbiorów w automatycznym benchmarku IEDB; siedem najczęstszych alleli ponad połowę.
  • 66,24% cząsteczek klasy I ma sześć zbiorów danych lub mniej.
  • Model uczony na takim rozkładzie jest najsłabszy dokładnie dla pacjentów, których alleli nikt nie badał.

Dane o powinowactwie odpowiadają na inne pytanie

  • IC50 zmierzone na oczyszczonym HLA nic nie mówi o tym, czy komórka produkuje białko źródłowe, czy proteasom tnie w tym miejscu i czy TAP przepuści peptyd.

Modele trenowane lub oceniane na tym zbiorze

  • trening NetMHCpan-4.1 Health Tech, Technical University of Denmark (Nielsen lab) — pomiary powinowactwa i zdeponowane ligandy
  • trening NetMHCIIpan-4.0 Health Tech, Technical University of Denmark (Nielsen lab)
  • trening MHCflurry 2.0 O'Donnell, Rubinsteyn and Laserson (Mount Sinai / OpenVax)
  • trening MHCnuggets Karchin lab, Johns Hopkins University

Źródła

  1. IEDB
  2. Trevizani R et al. A comprehensive analysis of the IEDB MHC class-I automated benchmark. Brief Bioinform 2022

Ta strona ma charakter edukacyjny — nie stanowi porady medycznej i nie zastępuje konsultacji z onkologiem. Decyzje diagnostyczne i terapeutyczne podejmuje wyłącznie lekarz specjalista.