{"access":"open","annotations":"Ka\u017cdy peptyd ma jednoznaczn\u0105 etykiet\u0119 allelu z samej konstrukcji do\u015bwiadczenia: linia B721.221 nie produkuje w\u0142asnego HLA klasy I, wi\u0119c jedyny wprowadzony allel jest jedynym, kt\u00f3ry cokolwiek wystawia.","article":"/blog/modele-prezentacji-antygenu","cancer_slugs":["pan-cancer"],"details":"PO CO BY\u0141 POTRZEBNY.\n- Zwyk\u0142a kom\u00f3rka nosi do sze\u015bciu cz\u0105steczek klasy I, a przeciwcia\u0142o W6/32 zgarnia wszystkie, wi\u0119c peptydy wracaj\u0105 bez etykiet alleli \u2014 niemal bezu\u017cyteczne dla modelu, kt\u00f3rego ca\u0142ym sensem jest \u201eten rowek \u2014 te peptydy\u201d.\nILE KOSZTOWA\u0141.\n- Jedna linia in\u017cynierowana na allel, rz\u0119du 100 mln kom\u00f3rek albo gram tkanki na jedno wy\u0142owienie, ca\u0142onocne wi\u0105zanie przeciwcia\u0142em, elucja kwasem, spektrometria mas z 1\u20135% odsetkiem fa\u0142szywych odkry\u0107.\nEFEKT.\n- Ta jedna zmiana metodologiczna zrobi\u0142a dla dok\u0142adno\u015bci przewidywa\u0144 wi\u0119cej ni\u017c jakakolwiek zmiana architektury sieci.","doi":"10.1038/s41587-019-0322-9","formats":["CSV","text"],"hf":null,"huggingface":null,"kind":"dataset","license":"published supplementary data (see papers)","modalities":["immunopeptidomics","protein-sequence"],"models":[{"name":"NetMHCpan-4.1","note":"dane monoalleliczne daj\u0105 jednoznaczne etykiety alleli","role":"training","slug":"netmhcpan"},{"name":"MHCflurry 2.0","note":"","role":"training","slug":"mhcflurry"},{"name":"MixMHCpred 3.0","note":"","role":"training","slug":"mixmhcpred"},{"name":"HLAthena","note":"model i zbi\u00f3r pochodz\u0105 z tej samej publikacji","role":"training","slug":"hlathena"}],"name":"Mono-allelic HLA class I peptidome (Sarkizova / Abelin)","page":"/ai-oncology/datasets/monoallelic-peptidome","provider":"Broad Institute / Dana-Farber Cancer Institute","size":{"items":186464,"notes_en":"95 mono-allelic cell lines (31 HLA-A, 40 HLA-B, 21 HLA-C, 3 HLA-G), median 1,860 peptides per allele; the earlier Abelin 2017 set covered 16 alleles and >24,000 peptides","notes_pl":"95 linii monoallelicznych (31 HLA-A, 40 HLA-B, 21 HLA-C, 3 HLA-G), mediana 1860 peptyd\u00f3w na allel; wcze\u015bniejszy zbi\u00f3r Abelin 2017 obj\u0105\u0142 16 alleli i ponad 24 000 peptyd\u00f3w","unit":"peptides"},"slug":"monoallelic-peptidome","sources":[{"label":"Sarkizova S et al. Nat Biotechnol 2020","url":"https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7008090/"},{"label":"Abelin JG et al. Immunity 2017","url":"https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5405381/"}],"summary":"Peptydom z kom\u00f3rek in\u017cynierowanych, kt\u00f3ry da\u0142 dziedzinie czyste etykiety alleli; pi\u0119tna\u015bcie jego alleli nie mia\u0142o wcze\u015bniej opisanego motywu, a panel pokrywa co najmniej jeden allel u 95% ludzi na \u015bwiecie.","tasks":["antigen-presentation","peptide-mhc-binding"],"url":"https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC7008090/","verified_at":"2026-09-05T22:25:59.152441"}